CyDye DIGE荧光染料可用作最小标记和饱和标记染料。最小标记染料用于可获得足够量的样品的普通2-D应用。来自稀缺样品标记试剂盒的饱和染料设计用于只有少量样品可用的应用，例如激光捕获显微切割。总共有三种最小染料和两种饱和染料可供选择。

CyDye DIGE荧光染料是多色分析的优质染料，提供明亮和强烈的色彩，具有窄的激发和发射带。荧光在光谱上是不同的，使它们非常适合多色检测。 CyDye DIGE荧光染料利用这些优点，但也使用Ettan DIGE系统专门为2-D DIGE进行尺寸和电荷匹配。