证据支持！全基因组测序作为罕见病一线诊断方法

最近发表在Nature杂志Genomic Medicine的一篇文献综述显示，基因组测序（Genome Sequencing, GS）有望缩短疑似罕见遗传病儿科患者的诊断与治疗所需时间。这一证据支持将基因测序纳入一线诊断标准，尤其是针对新生儿重症监护室（NICU）及其他重症监护环境中的患者。

一直以来，我们都是通过阶梯式方法来诊断此类疾病，从最不全面的检测开始，”文章作者之一兼Illumina科学研究副总裁Ryan Taft博士说道，“当最开始选择的方法未能得出诊断结果时，再转向更为复杂的检测方法，最终在万不得已的情况下，才会采用全基因组测序。但这种程序会浪费大量时间和资源，并且对迟迟未得到答案的家庭而言，无疑是精神上的极大打击。证据表明，在许多情况下，测序是最有效的诊断方法。只要有可能，我们会直接将全基因组测序作为诊断的第一选择。”

该研究由医学基因组联盟开展，正如他们在最新报告所述，有大量证据表明全基因组测序作为罕见遗传病的诊断检测非常出色，但在临床应用中的采用却出乎意料地缓慢。

为全面评估罕见遗传病人群中GS的证据，医学基因组联盟进行了重点文献综述和荟萃分析。筛选2014年1月至2022年8月期间，符合标准的共71篇论文，其中涉及13,000多名患者。对这些研究的评估基于他们的分析策略，包括分析的变异类型、解读指南、医疗机构、次要发现、周转时间、队列表型、诊断率和临床效用。

总体而言，经研究发现，基因组测序作为一线检测方法的平均诊断率为45%，而在之前接受过其他遗传检测的组别为33%，WES诊断阴性的患者为33%1。三分之一的研究报告了临床效用，所描述的临床管理变化包括诊断思维、治疗、患者预后和社会影响的结果，并且作者发现，鉴于临床效用评估方法因研究而异，不同研究所报告的临床管理变化范围很广（20% 至 100%）。

有证据表明，在许多情况下，基因组测序应作为一线基因检测方法，”Taft表示，“重症监护室中，患有不明原因疾病的儿科患者应首先接受基因测序。此外，如果一个靶向panel并未包括可能导致儿童病症的所有可疑基因，那么全面的基因组测序有望填补这些空白。”

除诊断率高之外，基因组测序的速度也很快。过去几年间开创的快速方法可以在几天内得出结果，这种能力对新生儿重症监护室中的重症婴儿来说尤其有益。不全面检测方法会浪费宝贵的时间，延误亟需的诊断。

虽然这篇综述强调了基因组测序在重症监护环境中的诸多益处，但仍有更多工作要做。作者发现，关于门诊病人和其他非紧急情况下一线GS的公开研究并不多。目前尚需就此开展更多研究；不过，对于不少患者来说，有证据清楚表明基因组测序具临床疗效。

大家认为基因组测序的价格太高，所以对此仍有抵触情绪，”Taft指出，“但这并未考虑到最近GS成本的大幅降低及其对下游持续护理的影响。尽早获得精确答案，几乎总是最具成本效益的方法。”

关于国际医学基因组联盟

（The Medical Genome Initiative）

由9家全球著名基因组中心及罕见病诊所/医院联合发起的临床基因组测序实验室联盟，致力于扩大高质量基因组测序的使用范围。每个机构指派一名专家作为专家委员会成员，组织相关研究讨论，并发布临床全基因组最佳实践。

参考文献：

1. Wigby, K M et al. Evidence review and considerations for use of first line genome sequencing to diagnose rare genetic disorders.  npj Genomic Medicine volume 9, Article number: 15 (2024)