培训班师资队伍内容强大，三位老师均为药物分子设计领域的资深研究者，理论基础深厚且教学经验丰富。他( 她)们将带领学员系统地、全面的学习分子对接、虚拟筛选、大分子相互作用的基础理论和案例实操，提升对CADD方法的理解和实践能力，结合引领生物药物革命的AlphaFold3，助您跻身于研发领域的学术前沿。我们诚挚地邀请大家报名参与，学会CADD,发文更容易!报名信息详见文末!

第一天（2024.8.1）

CADD/AIDD药物设计概论

一、计算机辅助药物设计的发源和基本概念

药物研发的历史演化

当代药物研发的典型流程

计算机辅助药物设计的常规装备

计算机辅助药物设计概念

计算机辅助药物设计能发挥的作用

计算机辅助药物设计的成功实例

CADD技术对新药研发产生的影响

二、计算机辅助药物设计中常用的计算方法

分子模拟介绍

分子模拟应用场景

量子力学介绍

分子力学介绍

分子力学和量子力学的应用

化学信息学介绍

基于靶标结构的药物设计方法

分子对接介绍

分子对接应用场景

虚拟筛选

配体分子的从头设计

基于配体分子的药物设计方法

基于配体分子的方法：2D-QSAR

基于配体分子的方法：3D-QSAR

基于配体的方法：药效团模型

计算机辅助药物设计的应用

ADMET

三、人工智能驱动的药物设计

AIDD发展历史

AIDD的应用

AIDD的案例

分子结构显示和处理方法

一、蛋白结构准备

RCSB PDB数据库介绍

UniProt数据库介绍

AlphaFold数据库介绍

用于存储有机分子结构的常见文件格式

常见文件格式解读

二、小分子结构的构建与优化

PubChem、ChEMBLE数据库介绍

分子指纹定义

分子指纹类型

不同分子指纹算法的特点总结

分子指纹的应用

数据库应用场景

PyMol介绍

三、实例讲解与练习

案例a

案例b

第二天（2024.8.2）

分子对接基本流程和技巧

一、分子对接基本流程

分子对接历史

分子对接原理

分子对接方法分类

代表性分子对接软件及部分软件介绍

考虑水分子的对接

共价分子对接

分子对接受体模型的建立

分子对接配体化合物库的准备

受体结合位点的确定

构象搜索与能量评价

分子对接方法性能的比较

打分函数评价体系CASF

二、AutoDock Vina软件执行分子对接

AutoDock Vina介绍

与AutoDock4的性能对比

AutoDock Vina安装

其他插件

三、分子对接结果的可视化分析

对接结果分析

对接结果展示

四、实例讲解与练习

案例a

案例b

虚拟筛选的基本流程和技巧

一、虚拟筛选基本流程

药物发现与药物筛选流程

高通量筛选 VS 虚拟筛选

虚拟筛选基本要素

虚拟筛选与分子对接区别

基于受体的虚拟筛选方法：分子对接

案例介绍

基于受体的虚拟筛选方法：多构象策略

基于受体的虚拟筛选方法：分子作用指纹

基于受体的虚拟筛选方法：药效团模型

基于配体的虚拟筛选方法：结构相似性搜索

基于三维形状相似性的虚拟筛选方法ROCS

基于形状匹配和分子对接的虚拟筛选工具比较

基于配体的虚拟筛选方法：2D-QSAR

3D-QSAR：比较分子场分析

基于配体的虚拟筛选方法：药效团模型

基于配体与受体联合的虚拟筛选方法

基于人工智能的虚拟筛选

虚拟筛选一般流程

虚筛前的准备工作

分子对接方法性能的比较

打分函数评价体系CASF

虚拟筛选模型的验证

人工检查

二、使用AutoDock Vina软件执行虚拟筛选

AutoDock Vina虚拟筛选需要的文件准备

AutoDock Vina虚拟筛选运行

三、虚筛的结果分析和技巧

虚拟筛选结果挑选

虚拟筛选结果保存

四、实例讲解与练习

案例a

案例b

第三天（2024.8.3）

分子动力学模拟基础

一、分子动力学模拟原理

分子动力学模拟定义

分子动力学模拟历史

分子动力学模拟原理

二、分子动力学模拟的一般流程

分子动力学模拟流程简介

力场的介绍

轨迹的介绍

力场和轨迹演化：键的拉伸

力场和轨迹演化：键角

力场和轨迹演化：二面角

力场和轨迹演化：Improper Dihedral

力场和轨迹演化：非键相互作用

力场和轨迹演化：静电相互作用

力场和轨迹演化：其他形式的力场

力场和轨迹演化：能量极小化

力场和轨迹演化：初始速度

力场和轨迹演化：积分算法

力场和轨迹演化：周期性边界

力场和轨迹演化：非键作用计算

力场和轨迹演化：温度和压强控制

力场和轨迹演化：整体流程

三、分子动力学模拟体系搭建

分子动力学模拟体系介绍

分子动力学模拟搭建体系搭建体系流程

分子动力学模拟搭建体系常见报错及解决方案

分子动力学模拟搭建体系检查

四、实例讲解与练习

案例a

案例b

分子动力学模拟进阶

一、分子动力学模拟增强采样方法

溶剂模型介绍

增强采样

增强采样：TMD

增强采样: SMD

增强采样: 伞抽样

增强采样: Metadynamics

增强采样: T-REMD

增强采样: Hamiltonian-REMD

增强采样: REST

增强采样: REST2

二、配体结合自由能计算：MM-GB/SA方法

配体结合自由能定义

配体结合自由能常见方法

MM-GB/SA介绍及使用

轨迹分析:Time correlation function

轨迹分析: principal component analysis

轨迹分析: source of error in MD

模拟硬件和软件

参考资料

三、实例讲解与练习

案例a

案例b

第四天（2024.8.4）

大分子药物设计

一、蛋白-蛋白和蛋白-核酸分子对接

蛋白质结构

蛋白-蛋白对接常见的软件

蛋白-蛋白对接结果分析

核酸结构

蛋白-核酸对接常见的软件

蛋白-核酸对接结果分析

二、人工智能蛋白质结构预测

蛋白质结构预测方法进展

AlphaFold和RosettaFold介绍

蛋白质结构设计方法介绍

ProteinMPNN和RFDiffusion等方法介绍

三、实例讲解与练习

案例a

案例b

药物发现之旅

一、化合物库的选择

Topscience database介绍

不同化合物的区别

建议的化合物库选择方式

硬件的选择

二、化合物的选择

化合物参数介绍

化合物参数的选择

三、ADMET

ADMET基本概念

ADMET预测原理

ADMET预测工具实战

培训老师介绍

往期评价

陶术药物设计培训课程目前已成功开展两期，教学内容受到了众多学员的高度赞赏，并且在课程结束后我们也会持续的为学员们解答相关疑问。

报名及联系

费用：

4280元/人（含三日酒店自助午餐）

6680元/人（含三日酒店住宿及早、中、晚餐）

注：早鸟价，6.30日前付费享受优惠 800元。活动安排可能调整，敬请关注最新通知。

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