在 2100 生物分析仪系统上进行的小 RNA 电泳可对 microRNA 和外泌体等挑战性 RNA 进行分离和定量测定，这些 RNA 的分子量小于 200 nt，通常以低丰度存在。生物分析仪小 RNA 分析可进行快速灵敏的分析，可分离 6 至 150 nt 分子量范围内的小核酸样品。

另外，生物分析仪小 RNA 分析非常适合对向导 RNA 进行质量控制。在 CRISPR/Cas 工作流程中，向导 RNA (gRNA) 的合成是成功进行基因组编辑的关键组成部分。由体外转录和纯化产生的 gRNA 可以在 2100 生物分析仪系统上运行并通过该系统来检查其分子量大小、产量、纯度和二级结构。