扩增子测序/宏基因组测序/细菌基因组测序

扩增子测序/宏基因组测序/细菌基因组测序 

扩增子测序

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。
16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目的区域，通过检测目的区域的序列变异和丰度，以研究环境微生物多样性及群落组成差异。
16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于5.8S和28S之间。

扩增子测序的优势：

采用目前Illumina HiSeq最长测序平台，可以满足16S 1~2个高变区的测序分析。3天内同时完成3,000个16S样本的测序，测序准确度较MiSeq平台提高10%，而拼接效率较MiSeq平台提高25%，以此获得更全面的菌群信息。

扩增子测序操作步骤：

1、研究对象的选取；

2、提取基因组DNA，DNA浓度需要达到5ng/ul,总量需要大于等于150ng;

3、构建PCR-free文库；

4、PE250测序;

5、信息分析  分析内容=标准分析+高级分析，基于目的区域的测序，检测序列丰度，以充分研究环境微生物多样性和群落差异性。

服务周期：

45天左右

宏基因组测序

宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学，是由 Handelman 提出的一种直接对微生物群体中包含的全部基因组信息进行研究的手段，以特定生境中的整个微生物群落为研究对象，采用高通量测序技术，获得环境微生物基因组信息总和，以研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。之后 Kevin 等对 Metagenomics 进行了定义，即“绕过对微生物个体进行分离培养，应用基因组学技术对自然环境中的微生物群落进行研究”的学科。它规避了对样品中的微生物进行分离培养，提供了对无法分离培养的微生物进行研究的途径，避免了实验过程中由环境改变引起的微生物序列变化所带来的偏差。
近年来，随着测序技术和信息技术的快速发展，利用新一代测序技术（Next Generation Sequencing）研究 Metagenomics，能快速准确的获得大量生物数据和丰富的微生物研究信息，从而成为研究微生物多样性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物与人类疾病健康关系的人体微生物组计划，研究全球微生物组成和分布的全球微生物组计划都主要利用高通量测序技术进行研究。 

产品特色

1. 微生物无需分离培养，且通过该技术可以客观还原微生物菌群结构
宏基因组测序技术，无PCR扩增环节，可以避免非特异性扩增问题，并且可以完整呈现微生物菌群的结构。
2. 在客观还原菌群结构的基础上，同时可以对群落微生物的功能进行研究
基于16S核糖体的微生物多样性研究方法，可以基于物种丰度进行功能丰度的预测，但是不能更进一步探究微生物的具体功能。而传统的微生物基因组方法，也需要构建大量的克隆筛选文库，才能获得微生物的功能基因。
宏基因组测序可以直接基于环境中的所有微生物的基因序列，进行微生物的基因相关功能研究。

操作流程：

样本制备

样本DNA提取

DNA检测

文库构建

文库检测

上机测序

样本要求

常见环境样本（请使用干冰运输）

土壤、淤泥、沉积物>=5g；粪便>=2g；组织样本>=1g

水体送样为过滤后的滤膜（最适滤膜直径3-100px）

DNA样本（请使用干冰寄送）

样品浓度>=50ng/ul

样品总量>=1.6ug

细菌基因组测序  

细菌基因组测序，一般采用二代或三代高通量测序手段，通过高深度测序和生物信息分析，获得细菌基因组的编码和变异信息。依照是否有近缘参考基因组合不同的信息分析策略，分为细菌de novo和细菌重测序。

细菌de novo

细菌de novo，是基于高通量测序数据，对细菌基因组进行从头组装的方法。基因组装结果，我们可以预测细菌基因组中所包含的基因，并通过功能数据库比对获得基因的功能信息。根据不同组装精细程度的需求，我们提供细菌框架图、细菌精细图和细菌完成图三种策略，为您提供全面的细菌de novo解决方案。

技术路线：基因组DNA提取——建库测序——组装——基因组组分分析——基因功能注释

细菌重测序

细菌重测序，是基因高通量测序数据，与近缘参考基因组进行比对，进行变异检测的方法。通过重测序可以获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel、SV等一系列变异信息，从中尝试对基因组之间的性状差异进行解析，或作为标记进行大规模的进行分析。

技术路线： 基因组DNA提取——建库测序——重测序变异分析——进化分析。

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