ChIP-seq/circRNA/转录组测序

ChIP-seq测序/circRNA测序/转录组测序

ChIP-seq测序

ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，并通过高通量测序，在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点，且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。

ChIP-seq优势：

用于在全基因组范围中研究蛋白特异结合的DNA片段，组蛋白修饰和表观遗传修饰的技术，研究这三个主题有助于洞悉蛋白对基因表达的调控以及染色体的功能结构。具有“覆盖全，周期快，分析科学”的优势，已广泛应用于人、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等物种的研究。

ChIP-seq操作步骤：

1、研究对象的选取；

2、提取DNA样本，DNA量≥20ng;

3、ChIP-seq文库构建；

4、PE150测序（10-20Mb）;

5、信息分析，通过对IP下来的合格DNA样本，建库测序，获得高质量reads，根据SCC曲线判断IP效果，通过motif分析判断IP的特异性以及分析的可信性，高效预测相关基因，进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能，组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。

服务周期：

50天

案例分析

案例：雌***受体结合异常与乳腺癌临床试验的相关性研究
雌***受体（ER）可与相关基因结合形成复合体并移位到细胞核结合下游基因激活它们转录，为肿瘤生长助力。在许多乳腺患者体内，就是因为该受体影响了基因的功能，从而引发致癌连锁反应。现在常用的***等乳腺癌治疗药物，就是通过阻断雌***受体对基因的作用而发挥效果。但在不少患者身上，这种药物的效果并不理想。本研究基于高通量平台的染色质免疫共沉淀技术ChIP-seq全基因组范围内寻找ER结合位点，从而鉴定雌***结合模式是否在患者肿瘤中存在差异。 

circRNA测序

环状 RNA（circRNA）是一类特殊的 RNA 分子，也是 RNA 领域的研究热点。与传统的线性 RNA（linear RNA，含 5’和 3’末端）不同，circRNA 分子呈封闭环状结构，不受 RNA 外切酶影响，表达更稳定，不易降解。近几年的研究表明，circRNA 在生物的生长发育、疾病的发生发展、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。由于 circRNA 的闭合环状特性，通过去除 total RNA 中的 rRNA 和线性 RNA 分子，可以特异地富集 circRNA 分子后测序，更有针对性地分析受检样本中特定的 circRNA 谱、circRNA 剪接模式、组间差异和分子功能等。

服务特色

• 应用范围广：可以检测几乎任何动植物的 circRNA

• 环状 RNA 全覆盖：高深度覆盖，可以检测到低丰度的 circRNA

• 生物信息学分析：强大的生物信息学团队，提供circRNA 鉴定、circRNA 功能预测、circRNA 分子标志物筛选等深入分析易读性强的数据报告

推荐测序模式

• Hiseq X Ten，PE150   

• 推荐10 Gb/样本

转录组测序

转录组测序是基于HiSeq平台，对待特定组织或者细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序，即可研究已知基因，亦能发掘新基因，全面快速地获得mRNA序列和风度信息。

案例分析

案 例 通过RNAseq技术全面解析乳腺癌组织中的可变剪切形式

乳腺癌组织由特定形式的转录本发挥特殊功能，本研究应用RNAseq技术获得了三种典型乳腺癌组织TNBC、non-TNBC和HER2阳性乳腺癌的转录本信息。该研究发现了新可变剪切形式和可变剪切后的新转录本，进一步研究发现，乳腺癌组织与正常乳腺组织在转录本表达水平和启动子转移水平存在显著差异，并RT-PCR验证CDK4，LARP1 , ADD3和PHLPP2等转录本形式。该研究第一次系统研究了不同亚型乳腺癌组织转录本利用可变剪切形式和转录本特异表达的情况。

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