siRNA文库筛选

siRNA文库筛选

    基于siRNA全基因组文库的基因功能研究方法将实现高通量、低成本、超快速的功能研究，将为重要基因功能的筛选，疾病机制研究及药物研发等方面提供新的动力，大大加快人类功能基因组研究计划的进展。

    本平台的siRNA文库购自Thermo Fisher公司的Dharmacon品牌，以SMARTpool的形式保存于384孔板中，每条基因的对应孔位中同时含有4条不同序列的siRNAs（SMARTpool试剂），从而保证产生高效的基因沉默效果。人和小鼠的全基因组siRNA 文库均有，并可提供针对不同常见功能基因群的亚文库。不同文库中所包含的基因列表和位置信息如下：

A. Human ON-TARGETplus (OTP) 全基因组siRNA文库：18104 genes。

ON-TARGETplus是Dharmacon独特的siRNA修饰技术，可以增强基因沉默的特异性并降低脱靶效应。本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分：

1. Human OTP Druggable Subset：2781 genes。可分为以下8个亚文库。

a. Kinase：针对人的715个Kinase基因的siRNA亚文库。

b. GPCR：针对人的390个GPCR基因的siRNA亚文库。

c. Phosphatase：针对人的254个Phosphatase基因的siRNA亚文库。

d. Ion channels：针对人的352个Ion channels基因的siRNA亚文库。

e. Protease：针对人的478个Protease基因的siRNA亚文库。

f. Ubiquitin Conjugation Subset 1：包含针对人Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等88个基因的siRNA亚文库。

g. Ubiquitin Conjugation Subset 2：包含针对人F-box和SOCS box E3 Ligases等115个基因的siRNA亚文库。

h. Ubiquitin Conjugation Subset 3：包含针对人RING finger 和 RING finger-like E3 Ligases等389个基因的siRNA亚文库。

2. Human OTP Drug Target：4786 genes。包含与人的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。

3. Human OTP Remaining genome collection：10537 genes。包含针对人基因组中其余基因的siRNA文库。

B. Mouse siGenome全基因组siRNA文库：19061 genes。

本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分：

1. Mouse Druggable Subset：2869 genes。可分为以下8个亚文库。

a. Kinase：针对小鼠的710个Kinase基因的siRNA亚文库。

b. GPCR：针对小鼠的515个GPCR基因的siRNA亚文库。

c. Phosphatase：针对小鼠的262个Phosphatase基因的siRNA亚文库。

d. Ion channels：针对小鼠的339个Ion channels基因的siRNA亚文库。

e. Protease：针对小鼠的532个Protease基因的siRNA亚文库。

f. Ubiquitin Conjugation Subset 1：包含针对小鼠Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等79个基因的siRNA亚文库。

g. Ubiquitin Conjugation Subset 2：包含针对小鼠F-box和SOCS box E3 Ligases等102个基因的siRNA亚文库。

h. Ubiquitin Conjugation Subset 3：包含针对小鼠RING finger和RING finger-like E3 Ligases等330个基因的siRNA亚文库。

2. Mouse Drug Target：7100 genes。包含与小鼠的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。

3. Mouse Remaining genome collection：9092 genes。包含针对小鼠基因组中其余基因的siRNA文库。

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