细胞功能预测和信号通路研究工具箱

细胞功能预测和信号通路研究工具箱

背景介绍

基因功能预测工具

在筛选出有意义的基因并对其进行验证之后，可以对这些基因进行功能预测，以使后续的功能研究实验更有的放矢。伯豪自主开发的基因功能预测工具，可对非编码RNA与miRNA、非编码RNA与蛋白/转录因子、ceRNA、下游靶基因/相互作用基因等，进行功能预测。

信号通路研究工具

一般情况下，信号通路的变化会通过转录水平和蛋白磷酸化水平体现出来，那么这种变化可以用基因芯片、PCR-array、蛋白芯片/磷酸化因子检测，然后用高级分析共表达&IPA，生物信息学的方法进行分析。
IPA （Ingenuity Pathway Analysis） 是一个一体化的在线整合分析软件，其背后的数据库包含 500 多万条生物学知识。数据经由 500 多名与家多轮质控，收集自 300 多种顶尖杂志的全文、 3000 多种生物学杂志摘要和 30 多个公共数据库，包含人、小鼠、大鼠等物种的基因表达数据、microRNA 数据和小规模实验数据，并且每周更新最新文献，每季度更新分析功能。IPA的分析内容包括：功能疾病相关性分析，生物学下游效应分析，经典通路相关性分析，通路活性效应预测，转录调控分析，转录因子互作分析，相互作用网络分析，生物标志物筛选，功能、疾病背景分子查询，相应文献调研及对应通路绘制等。
伯豪生物可进行一系列的IPA分析。

差异基因功能注释流程图

技术路线

服务形式

仅生信分析：
客户提供每组数据3个或3个以上生物学重复并且为差异基因或者关注的部分基因。
公司提供图片文件（Network图），包括png、PDF格式；Cytocape文件：可以cytoscape打开进行细节调整；文本文件。
实验＋生信分析：
客户提供基因信息，疾病信息，活细胞或细胞类型、培养条件信息，及需要进行实验类型。
公司提供实验报告（材料、试剂、仪器、方法、实验结果）和生信分析结果。

经典文献：

Shan-Shan Lai et al., PP2Acα positively regulates the termination of liver regeneration in mice through the AKT/GSK3β/Cyclin D1 pathway. Journal of Hepatology．