染色质免疫沉淀（chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下把细胞内的蛋白质和DNA交联，超声波将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后用所研究的目的蛋白质特异性抗体免疫沉淀蛋白质-DNA复合体，从而特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。ChIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。ChIP与基因芯片相结合建立的ChIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选。
目前，SBC拥有Agilent、Affymetrix、Nimblegen三大平台，可为您提供ChIP-on-chip分析服务。
Nimblegen ChIP-on-chip服务
Whole-Genome Designs系列
Whole-Genome Designs系列基因芯片的探针均匀覆盖全基因组，目前有2.1M和385K两种格式。
芯片推荐：Nimblegen 2.1M Human Whole Genome 10 Array Set
芯片介绍：这款产品含有10张芯片，每张芯片含有约2.1M个探针。探针长度为50-75mer，探针覆盖人类全基因组，平均间距为100bp。参照的数据库为：UCSC HG18。
芯片推荐：Nimblegen 2.1M Human Whole Genome 4 Array Set
芯片介绍：这款产品含有4张芯片，设计和2.1M Human 10 Array Set一致，但是平均间距扩大为205bp。
其它Whole-Genome Designs系列基因芯片：
Nimblegen 385K Arabidopsis thaliana Whole Genome 3 Array Set（拟南芥）
Nimblegen 2.1M Caenorhabditis elegans Whole Genome Array（秀丽隐杆线虫）
Nimblegen 385K Caenorhabditis elegans Whole Genome 3 Array Set（秀丽隐杆线虫）
Nimblegen 2.1M Drosophila melanogaster Whole Genome Array（黑腹果蝇）
Nimblegen 385K Drosophila melanogaster Whole Genome 3 Array Set（黑腹果蝇）
Nimblegen 385K Escherichia coli Whole Genome Array（大肠埃希氏菌）
Nimblegen 2.1M Mouse Whole Genome 10 Array Set（小鼠）
Nimblegen 2.1M Mouse Whole Genome 4 Array Set（小鼠）
Nimblegen 2.1M Rat Whole Genome 10 Array Set（大鼠）
Nimblegen 385K Saccharomyces cerevisiae Whole Genome Array（酿酒酵母）
Promoter Designs系列
Promoter Designs系列基因芯片的探针覆盖启动子的上下游，目前有2.1M，3x720K 和385K三种格式。
芯片推荐：Nimblegen Human 2.1M Deluxe Promoter Array
芯片介绍：这款芯片包含了人类所有已知启动子区和选择性转录起始位点，覆盖范围为转录起始位点上游7250bp和转录起始位点下游3250bp。参照的数据库为：UCSC HG18。另外还覆盖了28226个CpG岛和475个miRNA启动子区。
芯片推荐：Nimblegen Human 3x720K RefSeq Promoter Array
芯片介绍：这款芯片包含人类已知的启动子区和选择性转录起始位点（约30,893条转录本、22,542个启动子），覆盖范围为转录起始位点上游3200bp和转录起始位点下游800bp。探针平均间隔为100bp。参照的数据库为：UCSC HG18。
芯片推荐：Nimblegen Human 385K Two-Array Set
芯片介绍：这款产品包含两张385K格式的芯片，包含人类已知的启动子区和选择性转录起始位点。覆盖范围为转录起始位点上游3500bp和转录起始位点下游750bp。探针平均间隔为100bp。参照的数据库为UCSC HG18。
其它Promoter Designs系列基因芯片：
Nimblegen Arabidopsis thaliana 385K Two-Array Set（拟南芥）
Nimblegen Arabidopsis thaliana 385K Minimal Promoter Array（拟南芥）
Nimblegen Human 385K RefSeq Promoter Array（人）
Nimblegen Human 385K RefSeqXM Promoter Array（人）
Nimblegen Mouse 2.1M Deluxe Promoter Array（小鼠）
Nimblegen Mouse 3x720K RefSeq Promoter Array（小鼠）
Nimblegen Mouse 385K Two-Array Set（小鼠）
Nimblegen Mouse 385K RefSeq Promoter Array（小鼠）
Nimblegen Mouse 385K RefSeqXM Promoter Array（小鼠）
Nimblegen Rat 3x720K RefSeq Promoter Array（大鼠）
Nimblegen Rat 385K Two-Array Set（大鼠）
Nimblegen Rat 385K RefSeq Promoter Array（大鼠）
Targeted Designs系列
Targeted Designs系列基因芯片的探针针对基因组特定区域，能够对特定的一些基因进行研究。
芯片推荐：Nimblegen 385K Human Non-Coding RNA Array
芯片介绍：这款芯片专门针对一些非编码RNA基因的启动子区域，目前包含462个miRNA基因、375个snoRNA基因、89个piRNA基因和一些人工选择的ENCODE区域。探针的平均间隔为50bp。参照的数据库为：UCSC HG18。
芯片推荐：Nimblegen 385K Human ENCODE HG18 Array
芯片介绍：这款芯片覆盖人类所有的ENCODE区域，平均探针间隔为60bp。参照的数据库为：UCSC HG18。
其它Targeted Designs系列基因芯片：
Nimblegen Dog 385K ENCODE Array（狗）
Nimblegen 385K Human HOX Genes Array（人）
Nimblegen 385K Human ENCODE HG17 Array（人）
Nimblegen 4x72K Human ENCODE Array（人）
Agilent ChIP-on-chip服务
芯片推荐：SurePrint G3 Human Promoter 1x1M Array
芯片介绍：这款芯片选取了RefSeq数据库中约21,000条有较好注释的转录本，序列来自于UCSC hg19（NCBI Build 36）。共有966,092条探针，探针的平均间距为178bp。
芯片推荐：SurePrint G3 Mouse Promoter 1x1M Array
芯片介绍：这款芯片选取了RefSeq数据库中约19,000条有较好注释的转录本，序列来自于UCSC mm9（NCBI Build 37）。探针的平均间距为200bp。
其它Agilent ChIP-on-chip 芯片：
SurePrint G3 Human Promoter 2x400K Kit（人）
Human Promoter Microarray Kit, 2-Design Set, 1x244K（人）
Human ENCODE ChIP-on-chip Microarray（人）
SurePrint G3 Mouse Promoter 2x400K Kit（小鼠）
Mouse Promoter Microarray Kit, 2-Design Set, 1x244K（小鼠）
Arabidopsis Genome Microarray Kit, 2-Design Set, 1x244K（拟南芥）
C. elegans Genome Microarray Kit, 2-Design Set, 1x244K（线虫）
Drosophila Genome Microarray Kit, 2-Design Set, 1x244K（果蝇）
S. pombe Genome Microarray, 1x244K（裂殖酵母）
Yeast Genome Microarray Kit（酿酒酵母）
Zebrafish Promoter Microarray Kit, 2-Design Set, 1x244K（斑马鱼）
Affymetrix ChIP-on-chip服务
芯片推荐：Affymetrix Human Promoter 1.0R Array
芯片介绍：这款芯片有4.6M条探针，覆盖25,500个人类启动子（转录起始位点上游7.5Kb，下游2.45Kb；对于一些癌症相关基因，则覆盖转录起始位点上游10Kb）。芯片设计的序列信息来自NCBI。探针长度为25个碱基，每条探针之间的间隔为10bp。
芯片推荐：Affymetrix Mouse Promoter 1.0R Array
芯片介绍：这款芯片有4.6M条探针，覆盖28,000个小鼠启动子（转录起始位点上游6Kb，下游2.5Kb）。探针长度为25个碱基，每条探针之间的间隔为10bp。
其它Affymetrix ChIP-on-chip芯片：
Affymetrix Arabidopsis Tiling 1.0R Array（拟南芥）
Affymetrix C. elegans Tiling 1.0R Array（线虫）
Affymetrix Drosophila Tiling 2.0R Array（果蝇）
Affymetrix Human Tiling 2.0R Array Set（人，全基因组Tiling）
Affymetrix Mouse Tiling 2.0R Array Set（小鼠，全基因组Tiling）
Affymetrix S. cerevisiae Tiling 1.0R Array（酿酒酵母）
Affymetrix S. pombe Tiling 1.0FR Array（裂殖酵母）
详情请查看生物服务在线网站：www.ebioservice.com
