筛选新肿瘤药靶/biomaker整体解决方案

基于TCGA、GEO大数据或客户样本，筛选未在所研究肿瘤中被报道过功能或临床相关性的新功能基因，对所筛选到的基因进行细胞、体内水平的多种实验验证，并探讨所筛选基因潜在作用机制，为后续抗肿瘤药物的靶点以及生物标记物的确定提供前期数据基础。

技术原理

通过全基因表达谱芯片分析客户提供的癌和癌旁组织中全基因的表达变化，或者通过分析TCGA（或GEO）数据库中癌和癌旁组织中的全基因表达变化，结合吉凯基因疾病关键基因专利数据库和高内涵功能基因筛选平台（HCS）筛选出在所研究肿瘤中没有报道过的，并在肿瘤细胞增殖过程中发挥重要调控作用的基因。完成细胞和动物体内水平的功能学实验，通过补充研究方案阐明这些关键基因发挥功能的分子机制，并通过大样本确定关键基因的临床相关性。

结果展示

1. 基因芯片筛选疾病差异表达基因：客户提供至少20对癌和癌旁（或正常组）组织，抽提总RNA，进行全基因表达谱芯片检测，通过信息学分析，筛选差异表达显著的基因，挑选约25-40个差异基因进行qPCR验证，确定20个候选差异基因。

示例图:

2. 初步筛选目的功能基因：将20个候选基因shRNA慢病毒分别感染靶细胞，每个基因3个复孔，使靶细胞内源表达的候选基因表达下调，通过Cellomics高内涵功能筛选（HCS）平台对感染后的细胞进行4～5天细胞计数，观察候选基因表达下调后的细胞与对照细胞相比细胞增殖的变化，初步筛选到约2-3个对细胞增殖有影响的基因。

示例图：

3.  对筛选到其中一个功能阳性基因进行完整的细胞功能学研究：通过qPCR和WB验证目的基因在细胞中的敲减效率，并在肿瘤细胞株上进行MTT/细胞周期（PI/流式法）/凋亡（Annexin V/流式法）/BrdU/克隆形成等增殖方向的功能学实验。分组：NC vs KD，每组三个复孔。承诺在两株肿瘤靶细胞中该基因敲减后的至少3个增殖方向（含HCS增殖检测）的功能学阳性实验结果或者在3株肿瘤细胞中至少2个增殖方向功能学阳性结果。

示例图：

4. 对功能阳性基因进行的动物体内功能学研究：制备目的基因敲低实验组或对照组成瘤细胞，注射裸鼠，饲养裸鼠至瘤体长成，记录动物体重，瘤体大小曲线，处死后收集瘤体称重，处理数据结果。

示例图：

5. 目的基因大样本组化验证：分别在正常和不同分期病理组织中检验目的基因的表达情况，并进行数据相关性分析，获得目的基因与疾病以及预后的相关性。

6. 目的基因作用机制研究：通过细胞免疫荧光、Patharray下游通路分析、下游经典通路WB验证、Co-IP质谱分析互作蛋白、干性检测、衰老检测、DNA甲基化检测、乙酰化检测、泛素化检测、自噬机制检测等补充研究方案（超链接至肿瘤新药靶补充研究方案）验证目的基因可能的致病分子机制。

以下以Patharray下游通路分析为例：

通过全基因表达谱芯片检测目的基因干扰组细胞和对照组细胞下游差异基因，对差异基因进行IPA生信分析，并进行qPCR和WB验证，分析目的基因下游通路。

示例图：

研究技术路线

参考文献

1.Hou et al. Aldehyde Dehydrogenase-2 (ALDH2) Opposes HCC Progression By Regulating AMPK Signaling. Hepatology. 2017; 65(5):1628-1644.

2.Chen et al. CSTF2-induced shortening of the RAC1 3'UTR promotes the pathogenesis of urothelial carcinoma of the bladder. Cancer Res. 2018; 78(20):5848-5862.

3.Wang et al. KIF15 promotes pancreatic cancer proliferation via the MEK–ERK signaling pathway. Br J Cancer. 2017;117(2):245-255.