肿瘤新药靶个性化研究方案Personal solution

基于TCGA、GEO大数据或吉凯数据库或客户样本，筛选客户已有研究目的基因的下游未在所研究肿瘤中被报道过功能的新功能基因，对所筛选到的基因进行细胞、体内水平的多种实验验证，并探讨所筛选基因潜在作用机制，为解释目的基因的作用机制提供前期数据基础。

技术原理

通过全基因表达谱芯片分析客户已有研究目的基因A干扰后全基因的表达变化，结合吉凯基因疾病关键基因专利数据库和高内涵功能基因筛选平台（HCS）筛选出在所研究肿瘤中没有报道过的，并在肿瘤细胞增殖过程中发挥重要调控作用的下游基因B。完成B基因在细胞和动物体内水平的功能学实验，通过补充研究方案（阐明这些关键基因发挥功能的分子机制，延续目的基因A的研究课题。

结果展示

基因芯片筛选目的基因A下游相关基因：构建目的基因A的干扰慢病毒，在肿瘤细胞株中敲减目的基因A，抽提总RNA，与对照组进行全基因表达谱芯片检测，通过信息学分析，筛选差异表达显著的基因，挑选约25-40个差异基因进行qPCR验证，确定20个候选差异基因。

示例图：

初步筛选目的功能基因：将20个候选基因shRNA慢病毒分别感染靶细胞，每个基因3个复孔，使靶细胞内源表达的候选基因表达下调，通过Cellomics高内涵功能筛选（HCS）平台 对感染后的细胞进行4～5天细胞计数，观察候选基因表达下调后的细胞与对照细胞相比细胞增殖的变化，初步筛选到约1-2个对细胞增殖有影响的基因B。

示例图：

对筛选到其中一个功能阳性基因B进行完整的细胞功能学研究：通过qPCR和WB验证目的基因B在细胞中的敲减效率，并在肿瘤细胞株上进行MTT/细胞周期（PI/流式法）/凋亡（Annexin V/流式法）/BrdU/克隆形成等增殖方向的功能学实验。分组：NC vs KD，每组三个复孔。承诺在一株肿瘤细胞中至少4个增殖方向功能学（含HCS增殖检测）阳性结果，两株肿瘤靶细胞中至少3个增殖方向的功能学阳性实验结果或者在3株肿瘤细胞中至少2个增殖方向功能学阳性结果。

示例图：

对功能阳性基因B进行的动物体内功能学研究：制备目的基因敲低实验组或对照组成瘤细胞，注射裸鼠，饲养裸鼠至瘤体长成，记录动物体重，瘤体大小曲线，处死后收集瘤体称重，处理数据结果。

示例图：

目的基因B作用机制研究：通过细胞免疫荧光、Patharray下游通路分析、下游经典通路WB验证、Co-IP质谱分析互作蛋白、干性检测、衰老检测、DNA甲基化检测、乙酰化检测、泛素化检测、自噬机制检测等补充研究方案,验证目的基因B可能的致病分子机制。

研究技术路线

研究技术路线：

参考文献

1.Kong et al. Krüppel-like Factor 4 Suppresses Serine/Threonine Kinase 33 Activation and Metastasis of Gastric Cancer through Reversing Epithelial–esenchymal Transition. Clin Cancer Res. 2018;24(10):2440-2451.

2.Martínez-Terroba E et al. The oncogenic RNA-binding protein SRSF1 regulates LIG1 in non-small cell lung cancer. Lab Invest. 2018;98(12):1562-1574.