文献挖掘服务

系统介绍

   文献挖掘分析系统（软件著作权登记号：2009SR045504）， 通过对海量文献进行检索，找到已经报道并与研究相关的生物信息，进行信息学分析。主要针对客户提供的一个或一组关键词，从PubMed文献数据库收集相关文献摘要。利用NLP(Natural Language Processing)方法查找与关键词同时提及的所有基因或蛋白、小RNA、SNP、化合物等信息，并进一步做统计及生物学分析包括GO分类，代谢通路，构建调控网络等(关键词可以是“某疾病”，“某基因”等词语，也可以是“A or B”或“A and B”等一组目标词组)。

基本流程：


适用范围：
1、可以对研究的相关领域有一个宏观了解，是个一劳永逸的工作。
2、运用于基金申请的多个方面包括：立项依据，研究内容，研究方案，预实验。有助于提高各类科学基金申请的成功率。
3、分析的基因一般都是专业的明星分子，可以为深入研究提供信息。
4、构建一个宏观的分子线路图，适用于信号通路分析。
5、分析了低通量筛选出来的基因，可以用于和芯片、solexa等数据分析的比较。
6、通过构建基因调控网络，可以揭示目标基因之间的相互作用关系

可靠性
1、 对于基因和关键词的关系，是由计算机的相关算法自动处理的结果，我们还提供文章摘要原文作为佐证。
2、 所有涉及的文章的Pubmed ID号、基因别名等信息均存放在附表中，以供客户查阅及验证。
3、 基因互作数据取自专业数据库,数据具权威性。
4、所有的信息都要经过人工的检查，保证数据准确可靠，并具有代表性和完整性（需要公司及客户对结果进行人工增删）。

成功申请基金案例：
南京医科大学   PI3K/Akt信号通路激活对急性心肌梗死的保护作用和机制研究
第二军医大学   miR-143靶向调控TSHR基因促进甲状腺相关性眼病发病的机制研究
天津医科大学   胶质瘤中AKT/β-catenin信号转导通路转录调控miR-21的新机制
中山大学        基于血浆miRNA的骨肉瘤循环肿瘤细胞的检测及以其为靶标的骨肉瘤治疗新策略

合作实例展示：

Kai Huang, Jun-Xia Zhang, Lei Han, Yong-Ping You, Tao Jiang, Pei-Yu Pu, Chun-Sheng Kang, MicroRNA roles in beta-catenin pathway, Molecular Cancer. 2010，IF=4.16

Xiao Yue, FengMing Lan, Weidong Yang, Yang Yang,Lei Han ,Anling Zhang, Jilong Liu, Huazong Zeng, Tao  Jiang, Peiyu Pu, Chunsheng Kang, Interruption of β-catenin supresses the EGFR pathway by blocking multiple oncogenic targets in human glioma cells, Brain research.2010,10,032.IF=2.463

图例展示：
实例一：直接利用文献挖掘筛选某种疾病显著相关的基因及代谢通路
研究目的：根据某疾病国内外研究现状分析与其显著相关的基因及代谢通路
研究方法：找到某疾病（A疾病）相关的所有的文献，提取与A疾病同时提及的基因，统计检验挑选出与A疾病显著相关的基因，并做GO分类、pathway 分析。

A疾病显著相关的基因列表（部分）



A疾病相关PATHWAY图
实例二：文献挖掘结果与microRNA靶基因集整合
研究目的：研究microRNA调控某种疾病的机制
研究方法：利用文献挖掘系统找到与某种疾病(A疾病)显著相关的基因，同时预测microRNA(MirA)的靶基因，整合这两部分的数据，构建调控网络


                    MirA 调控A疾病的可能机制

实例三：根据文献挖掘结果，设计实验验证
研究目的：研究某种因子调控特定癌症的机制
研究方法：利用文献挖掘系统找到与某种因子（因子A）同时提及的基因，统计检验得到具统计显著性的基因及代谢通路。挑选其中可能与特定癌症（A癌）有关的基因及代谢通路，设计实验验证


                       因子A显著相关的基因及代谢通路