抗体结构与抗原结合表位确认，不依赖抗体晶体结构

• 研究对象：抗体、抗原

• 实验设计：交联质谱分析

• 研究内容：通过交联剂将抗原与抗体共价交联在一起，对交联产物进行质谱检测可以鉴定抗原-抗体结合位点（表位）。此外，交联质谱还可对蛋白结构变化进行解析。比如，生物药结合抗原前鉴定到了「mono-link」修饰，也就是交联剂的一端与氨基酸结合，另一端没有结合氨基酸结合的肽段，而结合抗原后没有鉴定到「mono-link」的修饰，这说明前者该位点暴露在蛋白质表面的，而与抗原结合后该位点被包埋在蛋白质内部。这些信息有助于理解抗原抗体结合如何改变构象，以及如何调节功能。

图片来源：MtoZ-Biolabs

交联质谱捕获蛋白真实构象与互作

《Nature Methods》

• 研究对象：GST、CNGP复合物、酵母UTP-B复合物、免疫沉淀

• 实验设计：交联质谱分析

• 主要成果：

• 在GST纯化蛋白中鉴定8对交联，与晶体结构一致，交联质谱真实捕获GST构象。

• 从CNGP复合物中鉴定15对交联，12个与结构模型一致，其他3个可能为非特异性交联。

• 在酵母UTP-B复合物中鉴定71对交联，大体与Y2H结果一致，交联质谱可以报告直接的蛋白质相互作用。

• 在免疫沉淀物中成功识别复合物的已知四种蛋白质：FIB-1、Nop56、Nop58和Snu13。

交联质谱辅助冷冻电镜解析蛋白复合物结构

• 研究对象：电压门控钙通道Cav1.1复合物

• 实验设计：交联质谱+冷冻电镜

• 交联质谱主要作用：

        鉴定Cav1.1复合物内核心亚基间交联位点

        辅助冷冻电镜构建高精度4.2 Å结构模型

        揭示了α1亚基四个同源重复序列的结构差异