与正相硅胶柱配合使用的流动相，通常包含己烷和庚烷等烃类溶剂，并混合有相对较少的强极性溶剂。

非极性化合物将首先从柱上洗脱，而极性溶质与硅胶表面上的硅烷醇基团具有较强的相互作用。

硅胶的极性选择性对于毒枝菌素的分离非常有用。

由于硅胶的低运行成本以及相对于反相柱反压较低，通常用于制备色谱中。

硅胶是有机化学家最常用的低压制备工具。

SUPELCOSIL LC-Si 柱中的未改性硅胶也可分离位置异构体。