针对大多数DNA/RNA应用，推荐具有低电内渗（EEO）的琼脂糖。如果需要将分离核酸用作酶底物（例如：连接酶和限制性核酸内切酶），应当使用特殊的高度纯化琼脂糖，比如：琼Agarose NA。

对于制备工作来说，应当使用具有低胶凝温度的琼脂糖。Agarose Prep同时具备低融点和低胶凝点。