一个简单、可扩展、经济、快速的解决方案,只需25 ng标准(未降解)RNA,即可在一天之内对编码转录组实现快速分析。
产品特色
Illumina Stranded mRNA Prep提供了简化的RNA-Seq解决方案,可获得全转录组的清晰、全面分析。还可灵活地支持多种输入类型和起始量(最低低至25 ng总RNA)。Illumina Stranded mRNA Prep能够精确测量链方向,实现均匀覆盖,并发现高度可信的新亚型、基因融合和等位基因特异性表达等特征。
卓越的性能
Illumina Stranded mRNA Prep经过优化,可提供出色的polyA捕获效率和覆盖均一性。它极大减少了准确、无偏差地检测编码转录组所需的测序深度。Illumina Stranded mRNA Prep基于TruSeq连接技术,自2011年起已被至少9926篇文献引用。
灵活的研究设计
Illumina Stranded Total RNA Prep支持较宽的RNA起始量范围(25 ng–1000 ng)。*
精确测量链方向
此信息可支持检测反义转录、增强转录本注释和提高比对效率。
*与FFPE样本不兼容
快速、自动化的工作流程
7小时内即可制备好用于测序的文库。我们将通过自动化合作伙伴提供Illumina认证的自动化选项。
可扩展的测序
在单次运行中可多重分析最多384个样本。(Index Set A和B已上市,Set C和D即将推出。)
强大的RNA-Seq
RNA-Seq正逐渐成为业界思想领袖的理想平台,可以快速呈现转录组在特定时间点的详细快照。与定量PCR相比具有很多优势,包括:
无假设的实验设计,无需转录组的先验知识
更强的探索能力,可检测已知和新型转录本
更高的通量能力,每次检测可定量数百个至数千个区域
更广泛的动态范围,基因表达的检测更加准确
每次检测更多数据,提供全部序列和变异信息
规格
Description | 简单、经济的编码转录组分析解决方案,可提供精确的链信息 |
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Content Specifications | 捕获编码转录组(带链信息) |
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Assay Time | 6.5小时 |
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Hands-On Time | <3小时 |
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Input Quantity | 25-1000 ng标准质量的总RNA |
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Mechanism of Action | PolyA捕获,连接接头和标签 |
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Multiplexing | 多达384个唯一双标签序列(UDI) |
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Species Details | Works with high-quality RNA from any species with polyA tails |
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System Compatibility Details | 文库制备被设计为与所有Illumina测序系统兼容,并在NextSeq 500/550和NovaSeq 6000系统上进行了大量的检验。 |
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System Compatibility | HiSeq 2500, HiSeq 3000, HiSeq 4000, NextSeq 1000, NextSeq 2000, NextSeq 500, NextSeq 550, NovaSeq 6000 |
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Variant Class | Novel Transcripts, Transcript Variants, 单核苷酸多态性 (SNPs), 基因融合, 转录变异 |
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Species Category | 小鼠, 人类, 大鼠, Mammalian, Bovine |
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Specialized Sample Types | Low-Input Samples, Not FFPE-Compatible |
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Strand Specificity | Stranded |
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Technology | 测序 |
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Automation Capability | 液体处理机器人 |
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Method | mRNA Sequencing |
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Nucleic Acid Type | RNA |
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计划推荐
仪器 | 推荐的样本数 | 读长 |
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NextSeq 550 System | 中通量: 5 高通量: 16 (基于每个样本25 M reads) | 2 × 75 bp |
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NextSeq 2000 System | P2: 16 P3: 40 (基于每个样本25 M reads) | 2 × 75 bp |
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NovaSeq 6000 System | SP: 32 S1: 64 S2: 164 S4: 384 (基于每个样本25 M reads) | 2 × 75 bp |
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产品比较
| Illumina Stranded mRNA Prep | TruSeq Stranded mRNA | TruSeq RNA Library Prep Kit v2 | Illumina RNA Prep with Enrichment | Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus |
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Automation Capability | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 | 液体处理机器人 |
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Strand Specificity | Stranded | Stranded | Non-Stranded | Non-Stranded | Stranded |
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Technology | 测序 | 测序 | 测序 | 测序 | 测序 |
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Variant Class | Novel Transcripts, Transcript Variants, 单核苷酸多态性 (SNPs), 基因融合, 转录变异 | Novel Transcripts, Transcript Variants, 单核苷酸多态性 (SNPs), 基因融合, 转录变异 | Novel Transcripts, Transcript Variants, 单核苷酸多态性 (SNPs), 基因融合, 转录变异 | Novel Transcripts, Transcript Variants, 单核苷酸多态性 (SNPs), 基因融合, 转录变异 | Novel Transcripts, Transcript Variants, 单核苷酸多态性 (SNPs), 基因融合, 转录变异 |
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具体的方法工作流程范例
![1636725961406166.jpg 000.jpg](https://ibook.antpedia.com/attachments/att/image/20211112/1636725961406166.jpg)
支持数据和图像
性能参数比较
![Supporting Data and Figures](https://ibook.antpedia.com/attachments/att/image/20211112/1636725974385027.jpg)
左侧- Illumina Stranded mRNA Prep的性能参数。右侧- Illumina Stranded mRNA Prep与TruSeq Stranded mRNA比较。Illumina Stranded mRNA Prep显示出卓越的性能,尤其是使用UHR RNA的起始量为25 ng时。文库下采样至 30 M reads并使用BaseSpace RNA-Seq Alignment App v2.0.1进行分析。在4 M 下采样的双端reads通过过滤(PF)时报告重复。
低起始量下更多基因发现
![Supporting Data and Figures](https://ibook.antpedia.com/attachments/att/image/20211112/1636725994433193.jpg)
与TruSeq Stranded mRNA相比,Illumina Stranded mRNA Prep可在低RNA起始量下检测到更多基因。在30 M下采样的双端reads PF中报告检测到的基因数。在1x覆盖度下检测到更多基因,Illumina Stranded mRNA Prep也是如此,这是更高灵敏度的一个指标。
与传统试剂盒高度一致
![Supporting Data and Figures](https://ibook.antpedia.com/attachments/att/image/20211112/1636726004205871.jpg)
在(A)100 ng UHR RNA的等效起始量和(B)25 ng UHR RNA的较少起始量(对比100 ng UHR RNA)下,Illumina Stranded mRNA Prep产生的数据与TruSeq Stranded mRNA高度一致。
高数据一致性
![Supporting Data and Figures](https://ibook.antpedia.com/attachments/att/image/20211112/1636726015545413.jpg)
Illumina Stranded mRNA Prep在(A)25 ng UHR RNA的技术平行分析和(B)25 ng 与100 ng UHR RNA 的起始量之间实现了高数据一致性。以2 × 74 bp读长对文库进行测序,下采样至30 M reads。使用BaseSpace RNA-Seq Alignment App v2.0.1进行数据分析。
Illumina Stranded mRNA Prep工作流程
![Supporting Data and Figures](https://ibook.antpedia.com/attachments/att/image/20211112/1636726023661134.jpg)
Illumina Stranded mRNA Prep提供了快速的工作流程,且手动操作时间短。时间长短会因使用的设备、处理的样本数量、自动化程序或用户经验而异。